Le cimetière du monastère des Capucins commençant à manquer de place, les moines entamèrent la construction d’une crypte sous ce dernier. En 1599, ils momifièrent l’un de leurs frères ayant récemment trouvé la mort, Silvestro de Gubbio, et le placèrent dans les catacombes.
Les corps subissaient un processus de déshydratation, avant d’être lavés au vinaigre. Certains étaient embaumés, tandis que d’autres étaient enfermés sous scellé dans des cabines de verre. Les moines était conservés avec leurs vêtements de tous les jours, et parfois avec les cordes qu’ils avaient porté en pénitence.
À l’origine, les catacombes avaient été creusées à la seule intention des moines. Au cours des siècles suivants, bénéficier d’une inhumation dans les catacombes capucines devint cependant une marque de prestige social pour l’aristocratie sicilienne. Dans leurs testaments, les intéressés demandaient à être conservés avec un certain type de vêtements, ou même à ce qu’on change leurs habits à intervalles réguliers. Les prêtres portaient leurs vêtements sacerdotaux, tandis que d’autres voulaient s’habiller à la mode de leur époque. Les proches parents rendaient souvent visite à leurs disparus, non seulement pour prier mais aussi pour maintenir les corps dans un aspect présentable.
Les catacombes furent entretenues pendant des siècles grâce aux dons des familles. Chaque nouveau corps était placé dans une niche temporaire, avant d’être déplacé dans son lieu de repos définitif. Tant que les dons se poursuivaient, le corps restait à sa place. Dans le cas contraire, le cadavre était entreposé sur une étagère en attendant l’arrivée de nouveaux fonds.
Le dernier moine inhumé fut le frère Riccardo en 1871, mais d’autres personnes extérieures au monastère continuèrent à y entrer. Les catacombes ont cessé officiellement de fonctionner en 1880, bien qu’elles restent accessibles aux touristes et que les derniers enterrements aient en réalité eu lieu dans les années 1920. L’une des toutes dernières inhumées fut la petite Rosalia Lombardo, alors âgée de deux ans et dont le corps est toujours intact, conservé selon un savoir-faire aujourd’hui perdu : le professeur Alfredo Salafia l’emporta avec lui dans la tombe.